بخشهای اصلی جشنواره فیلم کوتاه مهر سلامت عبارت است از:
- مستند
- داستانی
- فیلمنامه
- و بخش دانش آموزی: این بخش شامل فیلم هایی است که با توجه به موضوعات عنوان شده در فراخوان توسط دانش آموزان با استفاده از تلفن همراه یا دوربین های خانگی و نیمه حرفه ای تهیه شده باشد.